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Wednesday, November 20, 2019

Modele hbds


Achèvement d`un diplôme ou d`un diplôme australien avancé (ou équivalent). ou: achèvement du certificat IV en préparation tertiaire (ou équivalent). Pour les régions de type collagène, un pourcentage élevé du modèle de liaison hydrogène est conservé, ce qui est cohérent avec les valeurs de r.m.s.d. inférieures. Dans ces régions, certains triplets qui ont perdu des liaisons hydrogène sont adjacents aux interruptions du modèle répétitif Gly-X-Y, mais la majorité d`entre eux ne dépendent que de la séquence spécifique locale. Le premier phénomène est particulièrement important dans la zone de collagène C-terminal, comprenant seulement cinq triplets Gly-X-Y, où il n`y a qu`un seul triplet avec trois liaisons hydrogène (TBS, 296 – 298). Fait intéressant, l`arginine dans la position Y a montré pour conférer une grande stabilité, semblable à l`hydroxyproline, dans les peptides hélicoïdaux triples (Yang et al., 1997; Ackerman et coll., 1999). Dans la région de type N-terminal de collagène, il y a un seul triplet (GEI, 142 – 144) qui ne forme pas de liaison hydrogène, correspondant à la première élévation des valeurs de r.m.s.d. observées dans la figure 2. Ceci est également vrai pour le triplet GQK (199 – 201) dans la région interne de collagène-like, qui coïncide avec une grande augmentation de r.m.s.d.

dans cette région et avec la formation d`un Kink dans la triple hélice (figure 1A). Quant aux interruptions, les deux triplés sont entourés de triplets qui manquent au moins une des trois liaisons hydrogène. À l`exception de ces régions instables, tous les triplets contenant de l`acide imino contiennent les trois liaisons hydrogène attendues (figure 3 et tableau I). Une autre façon d`analyser la divergence du modèle à partir de la structure du modèle est de regarder les angles de torsion. La figure 4 montre les parcelles de Ramachandran pour les résidus de glycine et de proline, ainsi que tous les autres résidus dans diverses régions du modèle. L`hélice polyproline II est caractérisée par des angles de torsion d`environ φ = – 75 ° et a = 145 ° c, et possède des paramètres conformationnels semblables à ceux générés par une hélice polyglycine (Bhatnagar et al., 1997). En effet, la majorité des résidus de glycine sont regroupés dans la région de la polyproline II de la parcelle (figure 4A), bien que les angles de torsion soient également présentés dans d`autres régions. Les résidus de proline, présents uniquement dans les zones de type collagène du modèle, sont limités à cette zone de la parcelle Ramachandran (figure 4B).

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